As diferenças são: a facilidade e a certeza de ter um Driver proprietário testado pela equipe do Ubuntu que realmente vai funcionar nele.
Isto não é assim tão correcto, no máximo tem a certeza é de que o driver fica instalado da melhor forma possível no seu sistema, o driver pode não funcionar correctamente na sua placa, por ser proprietário há muito pouco que a equipe do Ubuntu possa fazer.
Você pode encontrar um driver mais recente no site da Nvidia mas vai ter um trabalhão para instalar. Além disso, toda vez que o Ubuntu atualizar o kernel você terá que reinstalar o Driver da Nvidia. Já com o pacote do Driver da Nvidia do Ubuntu e o linux-restricted module instalado, ele vai atualizar tudo pra você sem dor de cabeça. Se quiser usar o do site da Nvidia vai ser um grande aprendizado para você.
Tambem não está muito correcto, instalar o driver da nvidia a partir do site não custa mais do que 2 ou 3 comandos, quanto às actualizações do kernel está correcto, terá que actualizar manualmente.
Muita gente coloca a questão entre utilizar os pacotes ubuntu ou utilizar os originais mais recentes, a minha sugestão é utilizar sempre os pacotes do ubuntu, estão melhor integrados e facilita as actualizações, utiliza apenas programas originais se este resolver um problema ou tiver uma funcionalidade que não tem no pacote de ubuntu.