Dá sim, mas ele será formatado para uma partição valida para o Ubuntu,
E o grub provavelmente será instalado na MBR do windows então certifique-se de alterar para o do pendriver.
Risco sempre vai existir a partir do momento que se usa o computador.
Então sempre tenha backup.
@rjbgboEu acho que ele quis dizer instalar mesmo como se fosse um HD.