Quando você faz a configuração via interface gráfica, ele armazena as informações em outro lugar.
Quando você faz qualquer configuração de uma interface no arquivo /etc/network/interfaces, o Gerenciador de Redes vê essa configuração e declara a interface que você configurou como "não-gerenciável".
O principal motivo pra fazer uma configuração no arquivo interfaces é quando você quer que essa configuração não dependa da interface gráfica. No entanto, há algumas configurações que são muito complicadas pra fazer assim; nesse caso, mesmo dependendo da interface gráfica, vale a pena fazer com o Gerenciador de Redes. Exemplo desse caso, wireless e 3G.