Boa dica Vinicius, mas infelizmente não funcionou. Apaguei a pasta .themes, mas a configuração de cores permaneceu a mesma. Também apaguei todos os temas antigos que estavam na pasta /usr/share/themes, mas ainda não adiantou. Dentro da /usr/share/themes há uma pasta chamada Default com duas subpastas, uma gtk2 e outra gtk3, as quais contém arquivos de configuração. Imaginei que o problema pudesse estar nessas configurações, mas abrindo os arquivos com o editor observei que os mesmos estavam vazios, contendo apenas a informação "Default keybinding set. Empty because it is implemented inline in the code."
Alguém mais tem uma ideia de onde se encondem as configurações de cores no gnome 3?