Linux? Por que não Windows?
Normalmente os arquivos infectados estão ocultos, ou seja, marcados para não serem exibidos quando o pendrive é conectado ao computador. O Windows e o Linux trabalham de maneira diferente com pastas e arquivos ocultos, por isso normalmente os documentos que não aparecem no sistema da Microsoft são exibidos no SO do pinguim.
Como fazer?
O procedimento para visualizar os arquivos ocultos de um pendrive é bem simples e não requer a instalação de nenhuma ferramenta. Também não é preciso ter o Linux instalado na máquina, você pode rodar o sistema direto do CD, com o Live CD.
Abaixo você encontra uma lista com algumas distribuições Linux presentes no Baixaki. Basta escolher uma delas, baixar a imagem ISO e gravar em um CD.
Windows 0 pinguim 1 ^^
Fonte :
http://www.tecmundo.com.br/4690-seu-pendrive-pode-ter-virus-e-voce-nem-imagina.htm