Creio que se você acessar o "Menu Principal" (estou falando do aplicativo Main Menu) e editar o comando para abrir o LightDM Manager ou Ubuntu Tweak com um "sudo" antes (i. e., "sudo ubuntu-tweak", por exemplo), o problema da tela preta deixa de existir. "Creio" porque faz tempo que eu mudei o fundo do meu LightDM e não me lembro como, e só depois eu vi que o Ubuntu Tweak fazia isso. Mas se o problema for realmente de permissões, isso deve resolver.
Editando: sim, lembrei, usei um programa chamado "Simple Lightdm Manager" (ainda o tenho aqui instalado). Acho que peguei a dica no Ubuntued, e nunca tive esse problema de tela preta.