Olá Felipe e demais,
Não há comparação entre a organização das pastas do Linux com as do Windows. Não no sentido pejorativo, mas pq são conceitos diferentes mesmo...
O Linux usa um esquema de árvore única. Todos os arquivos são acessados em algum ponto da árvore. Já o Windows usa o esquema de unidades lógicas, onde cada unidade lógica tem a sua própria raiz e ramificações (pastas ou diretórios).
Você perguntou se é possível instalar programas fora da partição raiz, a resposta é
sim, é perfeitamente possível --- mas não é recomendável.
Os programas que são instalados a partir dos repositórios (Central de Programas, Synaptics, apt-get, aptitude, etc) são pacotes padronizados, onde o ponto de instalação do programa não pode ser alterado, SMJ.
No entanto, é possível criar o sistema de forma que alguns diretórios chave, como o /var, o /usr e o /opt fiquem em partições separadas da raiz, possibilitando que o sistema possa crescer de forma mais controlada. O mesmo pode ser feito também com o /home, como vcs mesmos já comentaram.
Note no entanto que isso é uma opção, e portanto (surpresa!!!) é opcional (duh
). Ou seja, numa instalação padrão, o sistema será todo instalado em uma única partição. Um usuário experiente pode (e deve) mudar essa organização, durante a instalação, que é o melhor momento pra fazer isso.
Não é impossível mudar depois do sistema instalado, mas é uma grande dor de cabeça, pois toda operação de partição é delicada, e um pequeno vacilo pode por o sistema inteiro a perder.