O GNOME Shell nada mais é do que a interface gráfica padrão do GNOME 3.
Um pouco dessa confusão é o fato do Ubuntu - atualmente - usar o GNOME 3 com o Unity no lugar do GNOME Shell. Mas muitos blogs sobre Linux / Ubuntu acabam confundindo ainda mais os usuários quando afirmam que o Ubuntu usa o Unity no lugar do GNOME e coisa e tal...
Resumindo: o Ubuntu sempre foi e continua sendo baseado no GNOME, mas atualmente usa o Unity como interface para o GNOME 3.
PS: da mesma forma, é - ou era - possível rodar o Unity sobre o KDE...