Se você instalou o VirtualBox dos repositórios deve ser o OSE e o dkms dele, ou seja, o seu pocote tem o nome: virtualbox-ose-dkms
então tenta assim:
sudo apt-get update
sudo apt-get install dkms virtualbox-ose-dkms
Veja se o Virtualbox funciona. Caso não no terminal digite:
sudo modprobe vboxdrv
Veja se funciona. Se mesmo assim não funciona, tenta reiniciar o seu computador, pois quem sabe seja necessário isso para que as mudanças tenham efeito.
OBS: para se compilar é necessário ter o headers de mesma versão do seu kernel instalado aí. Normalmente na distro Ubuntu o pacote linux-headers de mesma versão do kernel em uso já vem instalado, dentre outros pacotes necessários para o processo de compilação.