Olha só, gravação de logs em base de dados na própria máquina não me parece uma boa idéia, principalmente se vc não tiver os discos MUITO rápidos.
Eu verificaria esse problema no próprio MySQL, de repente é alguma questão de cache de gravação, journal, ou ainda do próprio engine escolhido pras suas tabelas (INNODB, MYISAM, etc.).