olha... eu sou noob mas acho que sua dúvida não deve ter nada a ver.
No windows, se vc clicar em uma partição truecrypt aparece: "esta partição não está formatada, deseja formatá-la? sim ou não"
E, fora isso, o gparted não trabalha muito bem em partições montadas... para operações em partições vc deve desmontá-las primeiro.
No ruindows já existem gerenciadores de partição que permitem até vc redimensionar o drive C do sistema usando ele sem precisar reiniciar, ou copiá-lo estando a partição em uso, mas isso é uma habilidade extraordinária, e não o procedimento comum.
O próprio gparted já manda um aviso de que pode soder tudo caso vc tente fazer operação com a partição montada, ou se recusa a fazer a operação.