Olá Arthur, realmente um cenário interessante. Você pode deixar uma partição, ou HD, com ext4 para arquivos pequenos e que serão compactados e outra partição, ou HD, com XFS para as imagens do clonezilla e outros arquivos grandes. Se tiver que usar os dois sistemas de arquivos no mesmo HD acho que vai te complicar o LVM, se não ficar inviável.
Eu posso dizer o que eu e alguns colegas estamos fazendo. Se o crescimento dos dados não é assim tão grande e rápida, nem de forma exponencial, Heheheheheh , não usamos LVM. Tenho colegas com storage da Dell e da HP que já tem tudo arrumado via hardware, o que facilita um monte né. Infelizmente não é o meu caso, mas como tenho vários HDs e não cresce tanto assim o volume dos meus dados, optei por deixar tudo com XFS, sejam os arquivos grandes ou pequenos. O XFS não é o mais rápido, mas aguenta maior quantidade de requisições nas transferências de arquivos. Então conseguimos fazer um maior número de transferências com taxas constantes ao mesmo tempo com o XFS. Usamos CentOs, um amigo usa Opensuse, nenhum dos meus colegas, e nem eu, usamos Debian. O motivo? Na hora em que o calo aperta, e eu quero dizer com muitas requisições e um monte de gente acessando os dados ao mesmo tempo, o CentOs se mostrou mais robusto, aguentou mais carga e manteve mais alta e constante as taxas de transferências dos arquivos. Não temos nada contra o Debian, só não a se mostrou o melhor para o nosso uso. Instalamos o sistema em ext4 e todos os dados estão em XFS, sejam eles grandes ou pequenos no meu caso. A maioria dos colegas trabalham com banco de dados enormes.
Eu só colocaria o comando de desfragmentar no cron se as alterações fossem constantes, senão eu mesmo executaria o comando de tempos em tempos, agora eu tenho tempo pra isso né Arthur. Se tiver ocupado demais, melhor colocar no cron mesmo.
Espero ter ajudado mais que complicado, e Arthur, se puder, faça os seus testes, afinal, o que é bom pra mim pode não ser pra você!