Olá,
kauremartins, eu fiz a atualização do 11.10 para o 12.04 eu não tive muitos problemas. Eu uso o gnome3 como ambiente padrão e até então não observei qualquer problema na atualização. Como os arquivos de configuração são alocados na pasta /home (na minha instalação uso a /home separada em outra partição), é sempre bom ter um certo cuidado (no entanto na maioria das atualizações esta pasta não é afetada), portanto suas configurações se manterão lá.
No meu caso, todas as personalizações (temas, atalhos e programas favoritos) se manteram inalterados.
Como o clodoaldops bem citou, é sempre bom fazer um backup dos arquivos importantes.