Bom galera abri este tópico com o intuito de compartilhar essa coisa simples, que até alguns dias atrás eu também não sabia como dividir um flac.
Precisa de 3 ferramentas: cuetools , shntool e flac
Após isso rode o seguinte comando:
$ cuebreakpoints "nome do arquivo".cue | shnsplit "nome do arquivo".flac
E pronto seu arquivo estará dividido em todas as canções.