É provável que ao instalar o Ubuntu dentro do windows, este estivesse com o disco "sujo"e fragmentado. Ao corrigir, o "Arquivo Gigante" criado pelo wuby dentro do Windows o deixou capenga, mas não acredito muito nisto.
Na verdade eu desfragmentei a partição do Windows antes de instalar o Ubuntu pelo Wubi.
O wubi só deixa o sistema mais lento, mas para testar o sistema é uma boa opção, já que pode remover o Ubuntu indo no windows no adicionar/remover do painel de controle.
Por enquanto ele tá com um desempenho razoavelmente satisfatório. Mas estou começando a pensar em fazer uma instalação de verdade mesmo. Se for melhorar as coisas tá valendo.
Informe o erro para "agora estou sem permissão para modificar arquivos em disco"
Informe se ao abrir o firefox ou o chromium, seu hd fica piscando indefinidamente (Bad sectors, lembra?), ou reinstale os navgadores para testar.
Foi eu falar e voltou ao normal...
Eu deixei executar a verificação uma vez até o final e quando o sistema iniciou os erros persistiram. Mas agora estou conseguindo novamente. Tinha reiniciado novamente, mas como a solicitação de verificação persistiu apenas ignorei ela.
O erro que aparecia, no caso do sistema de arquivos, consistia em não conseguir deletar alguns arquivos, por exemplo, mas não aparecia mensagem de erro nenhuma. Eventualmente aparecia um cadeado nos arquivos e pastas, mas não era algo constante. Ao tentar abrir arquivos do Libreoffice, este começava a carregar e depois fechava sem avisar.
No caso do Firefox eu não lembro da mensagem, mas agora voltou a funcionar também.
Bem, se é assim, está ótimo, pois o XP foi o sistema mais estável de toda a história da Microsoft.
Desculpe, eu quis dizer que para mim ele parece com o XP. Fui editar e comi essa parte da resposta sem perceber. No meu caso o Windows XP era uma desgraça. O Windows 7 está mais estável, segundo meu uso. Pelo menos não preciso formatar o sistema. No máximo criar uma nova conta de usuário que é como se o sistema fosse zerado. Mas na época do XP eu tinha dor de cabeça direto. Não estou afirmando que seja um problema para todos os usuários. Estou me baseando apenas no meu uso pessoal.
Instalar a cada tres meses o windows é chato mesmo, mas é do sistema operacional. Já o Ubuntu como qualquer GNU/Linux não precisa ser reinstalado nunca, salvo falhas de hardware.
O problema é esse. Da última vez o sistema começou a ficar tão lento, e a congelar que achei mais fácil reinstalar do que ficar procurando solução. As janelas ficavam escuras repentinamente e o sistema ficava lento. E o negócio estava ficando pior com o tempo. Cada vez os congelamentos duravam mais. Agora está uma beleza, tirando esse problema.
Tenho maquinas rodando o Ubuntu a 5 anos sem desligar, só reinicalizando por atualizações.
Me passa a receita. Você usa para quê? Servidor, desktop? Eu uso como desktop. Eu já tentei o Kubuntu, porque era mais customizável, mas sempre dava algum probleminha também. Ai desisti e fui usar o Ubuntu. Acabei gostando. Mas parece que atraio problemas. Devo ser azarado.
Quanto a não ter tempo para cuidar do sistema, aconselho então optar por um sistema apenas. Seja Linux ou windows, pois o tempo de manutenção será bem mais reduzido cuidando de um sistema apenas.
O Windows 7 não anda dando tanto problema ultimamente. O meu problema é que estou em época de provas e trabalhos na faculdade. Se fosse a algumas semanas ou meses atrás seria tranquilo. Eu quero ter os dois sistemas. Talvez mais de dois. Eu só uso o Windows quase que por causa dos jogos e para alguns softwares que uso mais raramente e que só existem nele. Se não fosse isso teria apenas o Ubuntu instalado porque o uso é mais agradável para mim, tirando eventuais problemas, é claro. Eu não quero deixar de usar o Ubuntu e preciso do Windows.
Se precisa de dois sistemas, e tem máquina potente, instale o Ubuntu e virtualize o Windows nele.
Voce cria um cd do Ubuntu personalizado e mantém uma copia do dosco virtual do windows.
A julgar pelo que citei acima não seria uma boa ideia.
Vou fazer mais uns testes e depois aviso o resultado.
Edit: O problema persiste...
Edit 2: Voltou ao normal novamente...
Edit 3: O problema persiste...
Conclusão. O problema é intermitente.