Olha, esses arquivos ".desktop" são na verdade arquivos de texto, por dentro. Sendo arquivos de texto, você poderia usar um aplicativo como o próprio sed pra alterar propriedades dentro dele (na verdade foi exatamente o que o comando lá de cima fez).
Agora... se são apenas esses aplicativos em autostart, que você quer desativar, então talvez só tirar execução de permissão desses arquivos ".desktop" faça a mágica...