Tenho distros , .deb e .rpm, com gnome-2x, kde-4x, xfce, lxde, gnome-3x e unity instalados no meu desktop e não vi nenhuma dificuldade e nem instabilidades.
P/ mim o criterio de escolha se resume em 2 pontos:
1-hardware p/ dar conta do recado
2-gosto pessoal