Se a sua home está em uma partição separada da do sistema sim!
Na instalação, quando chegar na parte do particionamente você tenque editar tudo manualmente e tomar o cuidado com o seguinte:
- Não formate a partição que atualmente é sua home!
- O ponto de montagem desta mesma partição deve ser o /home.
Feito isso você poderá usar a sua home como ela estava antes de você reinstalar o sistema. Mesmo assim você vai ter que instalar todos os programas novamente. Somente os seus dados (fotos, mp3, documentos) não serão perdidos.