Olha, também estou exatamente agora com esse problema, na verdade no meu caso o UnetBootin simplesmente "para" e depois de muito tempo, quando vou fechá-lo, recebo o aviso de que o programa encontrou um erro e se desejo fecha-lo "forçadamente". Estou passando por isso com o teste para o Mageia e também já enfrentei o mesmo problema para o OpenSuse e pro FreeBSD.
Testei também o programa que vem no Ubuntu, o Criador de Discos de Inicialização, porém, pelo que percebi só funciona pra distribuições baseadas no Ubuntu (e isso em alguns casos). Bem, é isso... se não tenho como fazer um disco de inicialização de distribuições como o Mageia, o OpenSuse, o FreeBSD (entre outras...), então já era... !