Eu instalei o AVG no Linux e dei uma scaneada na minha partição Windows. Ele achou os mesmos vírus que já tinha achado rodando pelo Windows (eu restaurei do "vault" dois trojans, que foram baixados mas nunca rodaram no sistema, para testar).
No mais, tenho usado o AVG no Windows e não tenho tido problemas de infecção. Aliás, já usei também Avira e Avast, para citar os gratuitos, e Norton pago (esse deixa o XP uma "lacraia"), ficando com o AVG.
Assim, quem quiser usar antivirus no Linux, pode ficar com ele.