Abaddon, sou usuário "trainee" (*rs*) e não sei como fazer esta atualização através do CD. Eu fiz minha atualização ligado à net.
Fiz o seguinte: Sistema > Administração > Gerenciador de Atualizações. Aí, na parte superior da janela que se abriu, veio uma mensagem com algo do tipo "nova versão disponível" e uma caixa de "Atualizar" à direita. Cliquei nesta opção e a atualização foi feita.
Demorou: o processo todo levou de 5 a 6 horas porque ele baixa mais de 1.300 arquivos (portanto, se houver alguma forma de fazê-lo através do CD deve ser bem mais rápido).
Além disso, você tem que dar uma olhada de vez em quando porque algumas poucas vezes ele pede a intervenção do usuário (mas é sempre coisa à toa, tipo "deseja continuar?", "confirma remoção de pacotes?" e por aí afora). Mas tudo correu bem.
De qualquer forma, como eu já disse em outro post de outro tópico, ando tão satisfeito com o Ubuntu que já estou pensando seriamente em acabar com este esquema do Wubi e instalar o Ubuntu em uma partição própria para começar a, devagar, desativar o Windows Vista no desktop.