Eu nunca tive... no momento tenho Unity + KDE, mas já tive Unity + Cinnamon e também, a pouco tempo, tinha Unity + KDE + XFCE e rolava tudo tranquilo. O problema é que algumas coisas inesperadas podem acontecer (no meu caso, que uso ambientes bem diversos) como o Unity abrir coisas com o dolphin, ou com o thunar ao invés do nautilus, uma vez ou outra. No seu caso, acho que nem esse risco corre, pois o navegador de arquivos é o mesmo nesses ambientes que está usando.