Não lembro se isso começou com o unity, mas a sacada de colocar a dock na vertical é espetacular, pois melhora a distribuição do conteúdo na tela, que geralmente é widscreen. Pena que não tem como fazer com que as janelas minimizadas fiquem no lançador da dock vertical.
Não entendi a das janelas minimizadas. O ícone some quando você minimiza as janelas? Ou quis dizer quando são fechadas?
Bom, com certeza o Unity foi responsável por popularizar essa organização de interface, mas a maioria dos ambientes já permitia colocar a barra de tarefas num dos cantos da tela, só que de um jeito meio 'primitivo'. O XFCE, por exemplo, sempre conseguiu colocar o painel verticalmente, porém só recentemente ele tem uma opção para reorganizar os ícones e elementos verticalmente também, evitando algumas falhas gráficas.
O unity foi trazido aos desktops a partir do projeto mobile (para tablets e netbooks), por isso a ênfase no espaço horizontal, ícones grandes e interface limpa.