Desde que vc não utilize bibliotecas específicas para uma plataforma. Tanto faz em qual SO vc está aprendendo a programar em C++.
Por exemplo, estou lendo o livro "Game Programming All in One Second Edition" e ele utiliza principalmente a biblioteca allegro, que é multiplataforma. Daí o código que ele fornece nos exemplos roda em windows, linux, e em todos as demais plataformas suportadas pela allegro sem nenhuma modificação.