Tota, acho que é meio ilógico/fantasioso pensar que um sistema operacional possa rodar vários ambientes gráficos sem dar problemas. Pense no seguinte:
Uma distribuição Linux escolhe o seu ambiente gráfico padrão, como o Ubuntu, que é baseado no Debian. Então eles pegam a base do Debian, só o essencial (acredito eu) e depois começam a construir sua distribuição com o seu ambiente gráfico padrão, ou seja, aquele sistema foi feito para trabalhar com aquele ambiente específico. Foi otimizado pra ele desde o começo.
O mesmo se dá com o Fedora por exemplo que é baseado no Red Hat e vem com o GNOME por padrão, por isso dizem que o GNOME do Fedora é o mais bem feito e polido. Então é razoável pensar que é porque a equipe do Fedora usa o GNOME por padrão, otimizando o seu ambiente para o sistema.
Eu não conheço a fundo sistemas operacionais, mas imagino que vários ambiente gráficos, vários gerenciadores de janelas etc podem causar problemas no sistema, bibliotecas podem entrar em conflito. Se não, não existiriam vários sabores do Ubuntu e de outras distros não é?
Na teoria pode ser que funcione, mas na prática o resultado pode ser diferente, assim como ter uma partição /home separada da raiz.
Abraços.