Oi, tudo bem?
Um dos problemas que pode dar é, se você está copiando para o pen drive, perda de informação.
Quando copiamos arquivos, principalmente os grandes, parte do conteúdo pode ficar em cash. Se você desplugar o pen drive, o que ainda estava no cash vai ser perdido.
Sempre antes de desplugar pen drives ou hd's usb, dou o comando sync, para garantir que a informação foi realmente atualizada.
Um abraço,
Sassa.