Em termos de Segurança, não sei afirmar qual solução seria melhor, se o módulo em Java ou o tal Warsaw. Mas o uso do Warsaw simplificou as coisas e o acesso aos bancos funciona melhor. Utilizo no Itaú e Caixa. Com o Java sempre foi dor de cabeça, peso e lentidão.
O Warsaw é desenvolvido pela mesma empresa que faz a segurança dos sistemas dos caixas eletrônicos.