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Em média... média significa que há alguns abaixo disso, e alguns acima. Use um "ls -lh" pra ver se há algum arquivo muito acima.Uma outra forma de confirmar o consumo de espaço de uma pasta é por meio do aplicativo "du". Você pode usar "du -smx /var/log", o resultado será o espaço total gasto por arquivos nessa pasta, em Megabytes. Você pode ir variando o destino, ou usar algum wildcard pra pesquisar em vários ao mesmo tempo. Só não recomendo que vc faça direto na raiz, pois pode demorar MUITO tempo pra terminar.
Repete o comando em outras pastas, tipo, /var, /home, etc.Se não aparecer um culpado, faz "cd /" e "du -smx *".Vai demorar, vai encrencar com os arquivos em /proc, mas vai mostrar qual pasta está tomando o espaço do sistema de arquivos.
Na hora em que um sistema de arquivos é montado sobre uma pasta, todo o conteúdo anterior dela fica inacessível. Então, qualquer operação que vc fizer --- inclusive contar o espaço ocupado pelos arquivos da pasta --- vai falhar.Desmonte esse HD externo, depois repita o "du -smx /home". Vamos ver se agora os arquivos aparecem.
Deixa o HD desmontado, confirme que a pasta onde ele é montado normalmente também não está estourando o espaço.Procure também incluir no teu script algum teste pra confirmar se o HD está realmente montado, antes de sincronizar.
Você precisa deixar desmontado pra resolver o problema. Depois de resolvido, você monta de novo, não?PS: Você não tem um backup, tem um script de sincronização. Backup é outra coisa...