Pois vou tentar uma remoção completa do pacote. Não achei nenhuma configuração sobre isso no programa, mas vamos ver se não é uma questão de algum arquivo de configuração escondido. Acho que se for isso a remoção completa deve resolver.
Depois posto o resultado. Enquanto isso quem tiver alguma idéia, por favor, me dê uma luz.
Obrigado
Editando:
Resolvi o problema. Depois de ter removido o programa por completo e não ter adiantado, só poderia ser uma configuração padrão que estava causando o transtorno. Um recurso ótimo mas que desconhecia me ajudou e muito a descobrir a solução (por isso gosto do VLC hehehe). Abri o programa e abrir o filme. Deu o erro e fui olhando os menus até que entrei em "Visão" > "Mensagens". Ali me apareceu claro como a luz do sol o motivo para que as legendas desaparecessem do nada e voltassem a aparecer. A mensagem:
subsdec error: failed to convert subtitle encoding.
Try manually setting a character-encoding before you open the file.
Depois foi só escolher a codificação correta da legenda, no caso foi ISO-8859-1 e mandar ver. Tudo certo agora.
A única coisa estranha é que antes eu nunca precisei escolher a codificação, mesmo para este filme. Já tinha olhado ele algumas vezes e nunca tive problemas. Mas então fica a dica, problemas com a legenda, verifiquem a codificação.
Obrigado pela ajuda Felix.
Valeu