Se não me engano começou depois que instalei o Edgy. Acho que não é problema de configuração porque minha primeira instalação foi por cima do Dapper e o erro já ocorria. Recentemente tive que trocar de HD, aí aproveitei para fazer uma instalação limpa. A frequência do problema continuou pequena até ontem, sendo que não alterei nenhuma configuração do GNOME, mas na minha instalação antiga eu havia feito algumas modificações.
Tenho um suspeito: wine. Ao iniciar a sessão, experimentei executar uma aplicação através dele assim que o painel superior(no qual está o ícone dela) carregou, e em três tentativas duas o erro aconteceu: a tela fica preta e retorna para a tela de login. Que eu me lembre desde a versão 0.9.22 o wine apresenta mal funcionamento para executar essa aplicação no Edgy. Atualmente estou com a versão 0.9.28 e está funcionando perfeitamente, porém a instabilidade aumentou. Em casa também tenho o Edgy, mas instalado sem o wine, e o problema nunca ocorreu. Infelizmente não posso remover o wine porque essa aplicação que rodo através dele é coisa aqui do serviço...
Obrigado pela dica, vou tentar.