Exatamente Coiote,
Porém esses comandos não funcionam sem o w32codecs instalados, como citei acima.
E outra coisa, esse programa que também citei acima é na verdade uma interface gráfica para o mencoder, pois ele utiliza o mencoder para efetuar as conversões.
É bem mais fácil do que ficar inserindo comandos no terminal!
Abraço