Olá,
Kde e Gnome guardam suas configurações em pastas diferentes, ocultas, dentro de seu diretório pessoal, ou Home. Kde, por exemplo, na pasta .kde, e gnome em outras, como .gnome2, por exemplo.
O que pode fazer o sistema perder um pouco de seu desempenho é quando misturamos o uso de aplicativos destes dois ótimos ambientes diferentes, Kde e Gnome, pelo fato do sistema ter que carregar na memporia bibliotecas de ambos os ambientes gráficos. Assim, se possível, prefira usar aplicativos nativos de seu Desktop.