Tou enfrentando a mesma situação no meu openbox, e como você não especificou muito, deduzo que está usando o xcompmgr, e esse pode ser o seu problema.
Eu criei uma solução bem simples pro meu caso, o seguinte script:
-------------------------------------------
#!/bin/sh
killall xcompmgr
xcompmgr -cC -t-3 -l-5 -r5
-------------------------------------------
Salvei o script como xcompmgr.sh e criei uma entrada pra ele no menu. Quando dá o problema, eu clico na tal entrada e o script resolve.