É o procedimento padrão usar gksu/gksudo/kdesu (para programas gráficos) e o sudo (para programas em linha de comando), pra ganhar os privilégios de super usuário. É mais seguro e não atrapalha o uso normal, porque esses privilégios só são necessários para tarefas que possam alterar o sistema como um todo. Seu problema, pelo que foi possível intender, foi que você usou de forma errada e em excesso.
Olhe o dono dos arquivos de configuração ocultos na sua pasta pessoal, todos deveriam pertencer ao seu usuário, mas provavelmente vai encontrar alguns que apresentam como dono o root. Pra alterar é simples, pode ser feito pelo terminal com o comando chown (com sudo) ou pela interface gráfica (gksudo nautilus).
Obs: não altere o dono de arquivos do sistema!