Tenta baixar um programa chamado gnome-art (#apt-get install gnome-art), aí você acessa o programa por Sistema / Preferências / Art Manager. Esse pequeno programa serve para baixar os temas do desktop e exibir uma espécie de visualização prévia. Basta clicar em install que ele instalará o tema e abrirá o menu de personalização do desktop (também acessível por Sistema / Preferências / Temas). Nesse menu, você pode simplesmente arrastar um arquivo de tema compactado e ele abrirá uma caixa de diálogo para instalá-lo. Tente fazer dessa maneira. Se não funcionar posta aí tentando descrever a maneira pela qual você tentou instalar anteriormente.
Você pode encontrar temas em
http://www.gnome-look.org/Agora a sua segunda dúvida você não teria mexido na transparência da barra, colocando-a no máximo ? Eu não entendi direito. Para fazer isto basta clicar no menu com o botão direito, clicar em propriedades e depois em plano de fundo. Aí você configura as transparências. Bem desculpe se não tivesse sido essa a sua dúvida.