Olá Centofante,
Com certeza dá pra mudar a sua pasta pessoal. Porém... eu desaconselho firmemente que você faça isso, pois são dois sistemas diferentes. Cada sistema lida com os arquivos de sua pasta pessoal de forma diferente, e em alguns casos até conflitante.
Uma alternativa seria você criar atalhos na sua pasta pessoal do Linux, apontando pros diretórios equivalentes na partição windows. Bem feito, vai ter o mesmo efeito que você quer, com a vantagem de preservar os arquivos da pasta pessoal, minimizando ou mesmo eliminando os efeitos colaterais.