existe um sistema chamado "logrotate", ele é instalado por padrão. Uma vez por dia ele verifica os arquivos configurados (o log do squid normalmente está na lista). Quando o arquivo de log passa do limite configurado (padrão: 1MB), ele "rotaciona" os logs, ou seja, ele renomeia o arquivo access.log pra access.log.0, depois compacta o arquivo antigo pra reduzir o consumo de espaço. Por fim, ele avisa ao squid pra criar um log novo.
Assim, se vc olhar em /var/log/squid e achar vários arquivos access.log.x.gz, é o logrotate já funcionando pra não deixar seu HD lotar.