Vantagens de ter a /home separada:
1) Facilidade no processo de reinstalação, já que basta definir a mesma partição como /home com o memso nome de usuário para o sistema usar as configurações existentes;
2) Facilidade no processo de recuperação, já que se for preciso reinstalar a partição pode ser preservada;
3) Compatibilidade com windows (avançado e não recomendado). é possível definir a partição /home com o sistema de arquivos NTFS do windows. Para o Linux isso não traria problemas e permitira que a partição fosse lida pelo windows, eliminando a necessidade de se ter uma partição NTFS de troca. No entanto, as pastas ocultas de configuração da /home poderiam ser corrompidas no acesso pelo windows, dependendo do que o usuário fizesse. Se deixar a /home em EXT4 ela não será visualizada pelo windows, assim com swap e a /, o que garante uma certa proteção;
Sobre a questão da /home separada, isso precisa ser feito no momento da instalação do sistema, considerando um particionamento de pelo menos quatro partições: windows, swap, / e /home (todas primárias) Se precisar de uma quinta, para troca de arquivos do linux para windows, sugiro que crie uma partição lógica a partir da partição windows.
Sobre a questão das distribuições, a proposta da LTS é naturalmente mais conservadora, enquanto que a proposta das distribuições correntes é a inovação (daí a quantidade de bugs que acontecem especialmente quando se tenta atualizar de uma versão para outra)