Tem coisas que acontecem que simplesmente não existe explicação.
Certa vez instalei o 11.04 num notebook compaq core 2 duo de uma amigo e assim que o sistema fez a atualização para o 11.10 começou a ocorrer um problema bem parecido. O sistema ligava e funcionava, mas para desligar ou reiniciar, só pelo botão. Nem mesmo comandos de terminal como sudo reboot ou sudo halt resolviam, pois o sistema entrava na tela com o logo do ubuntu e não saía mais. Então, depois que formatei e instalei o 11.10 de novo, esse problema simplesmente parou de acontecer.
Eu arrisco a dizer que, se o seu sistema desligar ou reiniciar por terminal, teoricamente o problema poderia ser resolvido com a instalação ou reinstalação de algum pacote relacionado ao gerenciamento de energia. Pelo Synaptic é fácil relacionar esses pacotes para conferir.
Mas, não descarto a hipótese de reinstalação.