Cara... tenta entrar no diretório oculto do epiphany que está no seu homedir. La você deve achar algum arquivo referente ao histórico. Será que se você tirar as permissões de escrita não da certo?
Desculpa não dar a resposta mais exata mas é que eu não uso Epiphany e não tenho como tester nem ao mesmo ver no diretório oculto dele.
Se for igual no firefox deve ter um tal de history.dat la.
[]s