Teste o procedimento abaixo, que deverá resolver:
Entre no Synaptic ==> Configurações ==> Repositórios ==> Fonte de aplicativos.
La em baixo tem Servidor principal clica nele e vai parecer outro. Clique também e depois clique em Selecionar o Melhor Servidor. Depois, clique em Escolher Servidor com isso vai mudar para um servidor mais próximo de você aqui no Brasil.
Agora clique em fechar e clica em carregar novamente para ver se o problema resolve.
Abraço.