Questão muito importante que ninguém resaltou aqui é a de que antes de formatar a partição que contém o Ubuntu, por qualquer aplicativo/método, você tem antes que recuperar o boot do windows na MBR, senão ao reiniciar o PC, após formatar o Ubuntu, não irá aparecer nenhum sistema operacional, embora o windows esteja no HD.
Para recuperar o boot do windows se você estiver usando o XP faça assim:
inicie o CD de instalação, tecle R para entrar no console de recuperação, selecione a instalação do Windows que deseja recuperar e rode
fixboot e
fixmbr.
Caso use o Windows 7 veja isso:
http://www.guiadohardware.net/comunidade/dica-boot/1043028/ou procure no google por: recuperar boot windows
Agora para formatar a partição do Ubuntu no HD, se você utilizar o windows Vista e acho que o Seven também, tem um utilitário próprio, veja como proceder:
http://windows.microsoft.com/pt-pt/windows-vista/Create-and-format-a-hard-disk-partitionAgora se for o XP, terá de instalar um aplicativo particionador no seu windows, por exemplo, o partition Magic ou usar o LiveCD do Ubuntu e por lá usar o aplicativo gparted para formatar a partição ubuntu no formato ntfs ou até mesmo fat32