Olá eliasbyr,
Problema chato esse, né?
Então, não acho que vá adiantar muito, mas tente reinstalar o VirtualBox ou instalar ele a partir da Central de Programas. Em geral quando alguma atualização era instalada, meu VirtualBox precisa ser reinstalado, não chegava a travar como você falou, mas ele não iniciava mais nenhuma máquina, então pode ser esse o problema.
Sobre as versões do VirtualBox, aparentemente a única diferença entra a da Central de Programas e a do site oficial é que a da Central de Programas não está corretamente traduzida para o português.
Com o .deb da versão do site, basta clicar duas vezes nele para abrir e quando a Central de Programas abrir, clicar em Reinstalar. Caso não dê certo, procure por VirtualBox na Central de Programas, abra o resultado e clique em Instalar. Será exibida uma mensagem informando que alguns pacotes serão removidos (é a versão do site que será apagada), confirme e informe a senha se for solicitado.
Outra coisa para você ter atenção é sobre a versão que deve instalar. Se seu Ubuntu é de 32 bits você deve
baixar do site a versão
i386, e se for de 64 bits deve baixar a versão
AMD64.
Espero que resolva seu problema,
Willder